A prossecução do objectivo do EMSO-PT implica a geração de dados científicos e, consequentemente, uma gestão mais eficaz e eficiente dos espaços marítimos e respetivos recursos naturais.
A aquisição dos dados será com base na instalação de observatórios submarinos que irão adquirir um conjunto de parâmetros bióticos e abióticos do fundo oceânico e coluna de água, nomeadamente, temperatura, oxigénio dissolvido, turbidez, acústica e correntes.
O processamento dos dados será feito através de rotinas definidas no âmbito de iniciativa EMSO-ERIC o que permitirá a simples integração e disponibilização dos dados adquiridos por todos os parceiros europeus.